Pregunta libXtst.so.6: no se puede abrir el archivo de objeto compartido: No existe dicho archivo o directorio


ACTUALIZACIÓN: después de qsub muchas veces noté que cuando el nombre de host es opt ### parece funcionar, pero para otros nodos en los que el nombre de host es de diferente topología int ###, no es así. He discutido esto con el administrador del clúster y esto es lo que dijo "De alguna manera esa biblioteca solo se instaló en los nodos opt * y no en los demás. Eso no debería suceder (la instalación en todos los nodos está diseñada para ser idéntica) Está arreglado ahora ". Funciona bien ahora y no es necesario setenv PATH o LD_LIBRARY_PATH.

Escribí un script CSH que ejecuta una aplicación Java llamada fiji-linux64. He ejecutado con éxito el script CSH en un nodo de clúster dedicado para compilar código, pero el mismo script falla cuando se envía como un trabajo (qsub) al clúster y se envía a uno de muchos nodos disponibles. Aparece el siguiente error en el archivo de registro:

Exception in thread "main" java.lang.UnsatisfiedLinkError: /netapp/home/username/bin/java/linux-amd64/jdk1.6.0_20/jre/lib/amd64/xawt/libmawt.so: libXtst.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory        
    at java.lang.ClassLoader$NativeLibrary.load(Native Method)
    at java.lang.ClassLoader.loadLibrary0(ClassLoader.java:1803)
    at java.lang.ClassLoader.loadLibrary(ClassLoader.java:1699)
    at java.lang.Runtime.load0(Runtime.java:770)
    at java.lang.System.load(System.java:1003)
    at java.lang.ClassLoader$NativeLibrary.load(Native Method)
    at java.lang.ClassLoader.loadLibrary0(ClassLoader.java:1803)
    at java.lang.ClassLoader.loadLibrary(ClassLoader.java:1720)
    at java.lang.Runtime.loadLibrary0(Runtime.java:823)
    at java.lang.System.loadLibrary(System.java:1028)
    at sun.security.action.LoadLibraryAction.run(LoadLibraryAction.java:50)
    at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
    at sun.awt.NativeLibLoader.loadLibraries(NativeLibLoader.java:38)
    at sun.awt.DebugHelper.<clinit>(DebugHelper.java:29)
    at java.awt.Component.<clinit>(Component.java:560)
    at java.lang.Class.forName0(Native Method)
    at java.lang.Class.forName(Class.java:169)
    at fiji.Main.<clinit>(Main.java:272)

Entonces pensé que podría necesitar establecer las variables de entorno PATH y LD_LIBRARY_PATH, así que hice echo $ PATH y echo $ LD_LIBRARY_PATH en la computadora del clúster que funcionó y agregué esas rutas al script csh I qsub, como se muestra a continuación:

setenv LD_LIBRARY_PATH /opt/intel/mkl/10.0.1.014/lib/em64t:/opt/intel/fce/10.1.017/lib:/opt/intel/cce/10.1.017/lib

setenv PATH /ccpr1/sge6/bin/lx24-amd64:/usr/kerberos/bin:/opt/intel/fce/10.1.017/bin:/opt/intel/cce/10.1.017/bin:/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/netopt/bin:/netapp/home/username/bin

Sin embargo, incluso después de establecer las variables PATH y LD_LIBRARY_PATH, sigo recibiendo el mismo error que el anterior. ¿Es este un problema de classpath? ¿O algo tiene que instalarse en esos otros nodos del clúster?


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origen


encontré algo aquí orafaq.com/forum/t/84411/2 - Ahmet Alp Balkan


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