Pregunta ¿Cómo instalar paquetes Rsubread, Edge R y limma en R en Cygwin?


Soy nuevo en Cygwin y quiero instalar tres paquetes llamados Rsubread  EdgeR y limma en R en Cygwin. escribí R en la consola Cygwin y una vez en el entorno R, luego instalé los paquetes como:

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("Rsubread")

Pero una vez que he terminado con la instalación, no puedo cargar el paquete usando la biblioteca (Rsubread) y me da que no hay un paquete llamado Rsubread.

¿Alguna idea de cuál es el problema?

Muchas gracias por la ayuda


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origen


envíe un correo a "cygwin (at) cygwin (dot) com" enlazar. Posible incluir el registro de instalación y seguir el sugerido enlazar lineamientos - matzeri


Respuestas:


el siguiente es de un borrador de manuscrito. Funcionó en el pasado, pero una actualización reciente de Rsubread parece causar problemas (ver mi pregunta sobre bioconductor) Bueno, si usa la versión correcta de R / Bioconductor, debería funcionar. Y espero que el problema actual se solucione en el futuro.

Descargue el Cygwin-installer e inicie la instalación. Siga el diálogo hasta que pueda seleccionar los paquetes que desea instalar. Seleccione los siguientes paquetes además de los que están predeterminados seleccionados (para las bibliotecas que terminan en "-devel", verifique si la versión sin "-devel" también está seleccionada).

  • Archivo:
    • libbz2-devel: archivo BZip de / compressor
  • Devel:
    • gcc-core: Colección compiladora GNU (C, OpenMP)
    • gcc-g ++: Colección compilador GNU (C ++)
    • gcc-fortran: Colección compilador GNU (Fortran)
    • make: la versión GNU de la utilidad 'make'
  • Libs:
    • libcurl-devel: Biblioteca de transferencia de archivos multiprotocolo (desarrollo)
    • libiconv-devel: implementación de Unicode iconv ()
    • libicu-devel: Componente de internacionalización de IBM para Unicode
    • libintl-devel: biblioteca de tiempo de ejecución de internacionalización de GNU
    • liblzma-devel: biblioteca LZMA de / compressor (desarrollo)
    • libpcre-devel: Desarrollo de biblioteca Perl Compatible Expressions regulares
    • libtirpc-devel: un puerto de la biblioteca RPC independiente del transporte de Sun
    • libxml2-devel: biblioteca XML de GNOME (desarrollo)
    • zlib-devel: biblioteca Gzip de / compression (desarrollo)
  • Ciencia:
    • R: R Lenguaje de cálculo estadístico

Después de completar la instalación de Cygwin, inicie Cygwin, escriba "R" y presione enter para iniciar una consola R. Al menos para la alineación de las lecturas cortas (es decir, el uso de Rsubread), necesita usar esta consola. Tenga en cuenta que los paquetes instalados en la consola Cygwin R no están disponibles para ninguna otra instalación R nativa (es decir, R instalado con el instalador disponible en cran.r-project.org)

Y bueno, esto debería ser claro, para instalar Rsubread en el Cygwin-R:

source("THE BIOCONDUCTOR LINK - yes, I'm not allowed to post more than 2 links")
biocLite()
biocLite("Rsubread")

Con los pasos anteriores, estos paquetes funcionarán también:

biocLite(c("SRAdb", "Rsamtools", "biomaRt", "DESeq2", "edgeR", "limma"))

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